Да, explain полезная комманда (http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/using-explain.html), но она показывает план выполнения. Это полезно при оптимизации запросов. И есть еще некоторые тонкости. Если зпрос не возвращает данных то  explain не работает.
Возможно, explain  не совсем то, что вы хотите. Если нужно мониторить, как именно mysql-server грузит ресурсы компьютера, посмотрите на программу atop. Он умеет писать данные о производительности в лог с заданным интервалом. Помните, что чтение\запись на HDD является важным параметром при измерении призводительности бд.

Немного не по теме. Если есть проблемы с производительностью, советую еще прочитать http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/estimating-performance.html, там простой английский и , к примеру, объясняется почему может резко  проседать производительность бд при большом объеме данных(или неправильных настройках) и как примерно оценивать производительность запроса.

explain запрос

Например:
mysql> explain select * from table;
ещё полезен:
mysql> show statistics;

В линукс можно сделать, чтоб в списке top отображались в реальном времени пользователи которые грузят больше всего. Ищите документацию.
Проще по пользователям все запросы разделить и находить их в списке.
А так по теме, ответ выше.