У меня есть сайт на джумле и нормально индексируется. Главное, не забывать грамотно прописывать теги: тайтлы и прочее. Ну и, соответственно вообще делать все грамотно.
Кстати, слышала, что Я. плохо индексирует сайты .net . Но при этом в топе, к примеру по запросу "Витамины" имеется сайт с .net
Так что имя, движок – это все, конечно имеет значение, но даже самая крутая система и самое крутое имя сайта ничего не гарантируют, если вы с сайтом не работаете.

CMS однозначно влияет на раскрутку сайта. Можно отметить следующие моменты:

1) Для поисковых систем важно знать о уникальности страницы, времени ее обновления и периоде обновления. Соответственно если система помещает в адрес страницы сессионные переменные для тех пользователей, которые заходят без поддержки Cookies (а поисковики именно такие пользователи), то это плохо. Также если неверно выдается информация о изменении страницы, то поисковик не будет знать как часто стоит возвращаться.

2) Важна чистота кода и правильность оформления разных элементов (заголовки, абзацы). Например Joomla изначально не помещает заголовки в H1, что вызывает необходимость ставить всякие хаки. Чем меньше мусора опять же в коде, тем лучше.

3) ЧПУ - очень важная штука. Например Google для зарубежных сайтов учитывает ключевые слова в адресе сайта. Яндекс кстати тоже с транслитом экспериментирует (хотя пока вроде это не влияет на позиции). Если система позволяет легко работать с ЧПУ (и при этом не создает дублирующихся или битых страниц при смене названия страницы), то это явный плюс.

4) Очень полезно иметь в системе возможность управлять мета-тегами.

5) Также CMS может содержать дополнительные всякие утилиты для продвижения специально, но это отдельная тема.

Я на практике много раз убеждался, что система значение имеет. Я сейчас работаю с MODx и часто по сравнению с другими системами он получает сразу хорошие результаты. Рекомендую попробовать.

Не знаю, насколько какя цмска лучше другой, но влияет это точно. Хотя многое зависит от ваших усилий - сама по себе система управления контентом требует еще всяких сэошних плагинов, разумного построения ЧПУ, и регулярного обновления качественным контентом :)
Я вот переделал один сайт с самописного движка на вордпрес - так точлько благодаря этому позиции пошли вверх. А плюс еще гугл сайт мапс и все что я перечислил раньше... - и все будет хорошо.

Моё мнение, CMS на индексацию и раскрутку не влияет т.к. на каждую из перечисленных CMSок можно натянуть одинаковый шаблон и даже с одинаковым кодом внутри. При достаточных знания можно например из DLE сделать Wordpress и п.

БОльшую играет уникальность контента (информационное наполнение) сайта.

Если говорить о joomla то стандартная версия (по умолчанию) крайне плоха для оптимизации, поэтому народу приходится ставить всякие хаки и лезть в ядро, да и головняк начнется с перегрузкой сервака после 1000хостов(проверено) так что если планируете создавать серьезный проект то CMS лучше выбирать профессиональную например Bitrix.
Но не всегда нужна такая монстра как Bitrix, а писать  даже небольшой сайтик на чистом html - это прошлый век,  для себя(и всей нашей студии) решил эту проблему написанием своей CMS (пример в ссылке), идея как и в битриксе только попроще:) делаю шаблоны и в них инклудю блоки, т.е. каждая страница физически существует на сервере, а не как в той же joomla  в базе с одним файликом index.php. Вообщем кому интересно могу подсказать некоторые идейки.